Находясь в капельках слизи, вирус втягивается воздушным потоком в дыхательные пути. Чем выше дисперсность аэрозоля слизи, образованного при кашле и чиханье больных, тем глубже в дыхательные пути здорового человека проникает вирус.

Экспериментально установлено, что нижние отделы дыхательных путей значительно чувствительнее к вирусу гриппа, чем верхние. Главной мишенью вируса являются клетки цилиндрического реснитчатого эпителия. Чтобы состоялось заражение, вирус должен преодолеть факторы неспецифической резистентности дыхательных путей. К ним относятся вязкие свойства слизи, постоянное движение ресничек цилиндрического эпителия, неспецифические ингибиторы репликации вируса, содержащиеся в слизи секрета дыхательных путей, макрофаги, захватывающие вирус и таким образом приостанавливающие его действие, секреторные IgA. Кроме того, после проникновения первых вирусных частиц в клетки этими клетками вырабатывается и выбрасывается в межклеточную жидкость интерферон, основной задачей которого является защита еще не зараженных клеток от проникновения в них вируса.

Если вирусу все же удается преодолеть все препятствия, он прикрепляется с помощью гемагглютинина к рецепторам клетокмишеней (в данном случае к реснитчатому цилиндрическому эпителию) и проникает внутрь клетки, где происходит «раздевание» вируса («стриптиз вируса») и начинается внутриклеточный цикл репликации, который идет с огромной скоростью: уже через 4—б ч в клетке создается партия новых вирусов, которая «выталкивается» из клетки через поры мембраны. Через 24 ч число вирусов, предшественник которых проник в клетку, может достигать нескольких сотен миллионов. Именно такой быстротой репликации вируса и его накопления объясняется очень короткий инкубационный период — от нескольких часов до 2—3 дней.